Forskningsafdelingens overordnede målsætning er at opfylde mandatet beskrevet i instituttets lovgrundlag, lov nr. 411 af 06/06/2002 ”om etablering af Dansk Center for Internationale Studier og Menneskerettigheder” (link her til lovgrundlag på hjemmesiden) i henhold til hvilken, instituttet skal ”varetage en selvstændig og uafhængig dansk forskningsindsats på menneskerettighedsområdet” (§2, stk. 2.1.). Dette fordrer et forskningsmiljø, som sikrer uafhængighed fsva. interesser, substans og metode. Forskningsafdelingen tilstræber at have betydelig indflydelse på international og national forskning inden for/i menneskerettighederne samt at understøtte synergien mellem forskning, operationelt arbejde og kapacitetsopbygning og hermed at fremme den effektive beskyttelse af individer..